Часопис исме (Април 2020)

Транскрипцијски и антагонистички одговори Псеудомонас флуоресценс Пф0-1 на филогенетски различите бактеријске конкуренте

Транскрипцијски и антагонистички одговори Псеудомонас флуоресценс Пф0-1 на филогенетски различите бактеријске конкуренте

Субјекти Бактерије Екологија заједнице Експресија гена Микробна екологија Апстрактан Способност бактерија из земље да се успешно надмећу са низом других микробних врста пресудна је за њихов раст и опстанак у окружењу земљишта ограниченом хранљивим материјама. У овом раду смо проучавали понашање и транскрипцијске реакције тла Псеудомонас флуоресценс соја Пф0-1 на агару сиромашном хранљивим материјама до конфронтације са сојевима три филогенетски различита рода бактерија, то су Б

Метатранскриптомска анализа аутономно прикупљеног и очуваног морског бактериопланктона

Метатранскриптомска анализа аутономно прикупљеног и очуваног морског бактериопланктона

Субјекти Експресија гена Микробна биооцеанографија Трансцриптомицс Апстрактан Планктонска микробна активност и структура заједнице су динамична и могу се драматично мењати у временским размерама од сата до дана. Ипак, из логистичких разлога, ова временска скала обично није довољно узоркована у морском окружењу. Да бисмо олакшали дугорочно посматрање микробне разноликости и активности веће ре

Састав микробне заједнице у седиментима одолијева узнемирењу обогаћивањем храњивим тварима

Састав микробне заједнице у седиментима одолијева узнемирењу обогаћивањем храњивим тварима

Субјекти Биодиверзитет Биогеоцхемистри Екосистем екологије Микробна екологија Апстрактан Очекује се да ће функционална редукција у бактеријским заједницама омогућити микробним скупинама да преживе преживе сметње омогућавајући континуитет у функцији упркос композицијским променама у заједницама. Недавни докази, међутим, указују да микробне заједнице мењају и састав и функцију као резултат поремећаја. Представљамо доказе за трећи одговор: отпор. Испитали смо одговор микробне заједнице на узнемиреност проузроковану обогаћивањем храњивим састојцима у сед

Ефекти третмана узорака на опоравак генома путем једноћелијске геномике

Ефекти третмана узорака на опоравак генома путем једноћелијске геномике

Субјекти Бактеријска геномика Метагеномицс Апстрактан Једноћелијска геномика је моћно средство за приступ генетским информацијама од некултивираних микроорганизама. Поступци руковања узорцима пре једно-ћелијског амплификације могу утицати на квалитет добијених генома. Користећи три бактеријска соја, показујем

Вируси се накупљају у центрима за старење гљивичног шумског патогена

Вируси се накупљају у центрима за старење гљивичног шумског патогена

Субјекти Микробна екологија Исправљање овог чланка објављено је 20. јануара 2015. године Овај чланак је ажуриран Апстрактан За гљивичне вирусе (миковируси) са РНА генима недостаје ванћелијских инфективних честица. Ови вируси се преносе латерално међу гљивичним сојевима преко мицеларних анастомоза или вертикално преко заражених спора, али мало се зна о њиховој распрострањености и обрас

Састав врста тинтиннида богатих врстама (морски планктонски протисти) структуиран је према величини уста

Састав врста тинтиннида богатих врстама (морски планктонски протисти) структуиран је према величини уста

Субјекти Биодиверзитет Микробна екологија Таксономија Апстрактан Многе микробне таксоне у морском планктону делују пренасићено богатијим врстама. Овде дајемо делимично објашњење анализирајући како се организују врсте, паковање врста, у смислу таксономије и морфологије. Усредсредили смо се на добро проучену групу тинтиннидних цилијата микрозоопланктона у којој је екологија исхране уско повезана са морфологијом. Испитане су популације у три различита система: источни медитерански Гире, западни медит

Повезаност са површином одређује обрасце разноликости у подземним водоносницима феноноскандијског штита

Повезаност са површином одређује обрасце разноликости у подземним водоносницима феноноскандијског штита

Субјекти Микробне заједнице Еколошке мреже Микробна екологија Оригинални чланак објављен је 29. марта 2016 Исправка у: ИСМЕ Јоурнал (2016) 10, КСКС – КСКС; дои: 10.1038 / исмеј.2016.36 Ажурирано онлине 9. јуна 2016: Овај чланак је првобитно објављен под лиценцом НПГ-а за објављивање, али сада је дос

Сличности и сезонске разлике у бактеријским заједницама из крви глодара и из њихових вектора бува

Сличности и сезонске разлике у бактеријским заједницама из крви глодара и из њихових вектора бува

Субјекти Екологија заједнице Апстрактан Векторски пренети микроби подлежу еколошким ограничењима два различита микро-окружења: вектора чланконожаца и крви домаћина краљежњака. Будући да структура бактеријских заједница у ове две микро-животне средине може у знатној мери утицати на обиље микроорганизама који се преносе од векто

Фенологија пелагичних бактерија високе надморске висине: улоге метеоролошке варијабилности, улазних улаза и термичке стратификације у структурирању заједница

Фенологија пелагичних бактерија високе надморске висине: улоге метеоролошке варијабилности, улазних улаза и термичке стратификације у структурирању заједница

Апстрактан Многе еукариотске заједнице показују предвидиву сезоналност у саставу врста, али такви фенолошки обрасци нису добро документовани у бактеријским заједницама. Ова студија квантификује сезонске варијације у саставу бактериопланктона у високом надморском језеру у Калифорнији Сиерра Невада током трогодишње

Транскрипцијски одговори изазвани светлошћу, повезани са растом морског флавобацтеријума повећаног протеорходопсином

Транскрипцијски одговори изазвани светлошћу, повезани са растом морског флавобацтеријума повећаног протеорходопсином

Субјекти Микробна биооцеанографија Микробна екологија Фотобиологија Трансцриптомицс Апстрактан Протеорходопсин (ПР) је фотопротеин који делује као лагана протонска пумпа у различитим морским бактеријама и архејама. Недавне студије су сугерисале да ПР може повећати и стопу раста и принос код неких флавобактерија када се узгаја у условима ограничења хранљивих материја у светлу. Међутим, директна укљу

Кораљи испуштају бактерије као потенцијални механизам отпорности на обогаћивање органским материјама

Кораљи испуштају бактерије као потенцијални механизам отпорности на обогаћивање органским материјама

Апстрактан Разумевање механизама отпорности коралних гребена на антропогене стресоре је критични корак ка ублажавању њиховог тренутног глобалног пада. Асоцијације кораља и бактерија су кључне за здравље и болести гребена, али директна запажања ових интеракција остају углавном неистражена. Овде користимо нову технологију, брзу ласерску скенирајућу конфокалну микроскопију на живом кораљу ( Поциллопора дамицорнис ), како бисмо тестирали хипотезу да кораљи врше контролу над обиљем својих повезаних бактеријских заједница ослобађањем (

Дискриминативно откривање и набројавање живота микроба у морским подземним седиментима

Дискриминативно откривање и набројавање живота микроба у морским подземним седиментима

Апстрактан Откривање и набројавање живота микроба у природним срединама дају основне информације о обиму биосфере на Земљи. Међутим, дуго је тешко проценити бројност микробних ћелија у седиментним стаништима, јер неспецифично везање флуоресцентне боје и / или ауто-флуоресценција из честица седимента снажно омета препознавање сигнала који потичу из ћелија. Овде смо показали високо ефикасну и дискриминативну технику детекције и набрајања микробних ћелија у седиментима применом третмана флуороводичном киселином (ХФ) и аутоматизованом анализом флуоресцентне слике. Испирање суспензије талога са ХФ з

Микроорганизми се задржавају на рекордним дубинама у подземљу слива Цантербури

Микроорганизми се задржавају на рекордним дубинама у подземљу слива Цантербури

Субјекти Биооцеанограпхи Микробна екологија Оригинални чланак објављен је 16. јануара 2014. године Исправка у: ИСМЕ Јоурнал (2014) 8 , 1370–1380; дои: 10.1038 / исмеј.2013.250; објављено на мрежи 16. јануара 2014 Откако је објављен овај чланак, аутори су запазили да је приступни број студије депонован у Архиви за читање с

Интрацелуларна ниша за репликацију Вибрио колере у амеји Ацантхамоеба цастеллании

Интрацелуларна ниша за репликацију Вибрио колере у амеји Ацантхамоеба цастеллании

Субјекти Бактериологија Микробиологија воде Апстрактан Вибрио колера је људски патоген и узрочник колере. Постојаност ове бактерије у воденом окружењу је кључна епидемиолошка брига, јер се колера преноси путем контаминиране воде. Предаторски протисти, попут амеба, су главни регулатори бактеријске популације у таквим срединама. Стога смо истражили интеракцију између В. цхолерае и амебе Ацантхамоеба цастеллании на нивоу ћел

Бактеријска разноликост у односу на секундарну производњу и сукцесију на површинама албра Ламинариа хипербореа

Бактеријска разноликост у односу на секундарну производњу и сукцесију на површинама албра Ламинариа хипербореа

Субјекти Бактеријска секреција Биодиверзитет Шумска екологија Микробна екологија Апстрактан Шуме алге широм света познате су као жаришта за макроскопску биолошку разноликост и примарну производњу, али о биодиверзитету и улогама микроорганизама у тим екосуставима се врло мало зна. Секундарна производња од стране хетеротрофних бактерија повезаних с алгама је важна у мрежи хране као веза између примарне производње алге и потрошача шумских алги. Циљ ове студије био је истражити однос између бактеријске разноликости и дв

Разноликост и функционална анализа лукС гена у Вибриосима из морских сунђера Мицале лакиссима и Ирциниа стробилина

Разноликост и функционална анализа лукС гена у Вибриосима из морских сунђера Мицале лакиссима и Ирциниа стробилина

Субјекти Биодиверзитет Микробна биооцеанографија Микробна екологија Симбиоза Апстрактан Спужве садрже веома разнолике и густе микробне заједнице, пружајући окружење у којем бактеријска сигнализација може бити важна. Сензор кворума (КС) је сигнални процес зависан од густине ћелије који бактерије користе да координирају и регулишу експресију гена. Претходне студије су откриле да бактерије изоловане од

Метаболизам измењене Сцхаедлерове флоре на нивоу система, комплетна микробиота црева

Метаболизам измењене Сцхаедлерове флоре на нивоу система, комплетна микробиота црева

Субјекти Бактерије Микробне заједнице Апстрактан Измењена Сцхаедлерова флора (АСФ) је модел микробне заједнице која је значајна и ин виво и ин витро . Овде дајемо прву карактеризацију АСФ заједнице ин витро , независно од мишјег домаћина. Упоредили смо функционални генетски садржај АСФ са метагеном дивљих мишева и открили да АСФ функционално представља дивље микробиоме боље од случајних конзорција сличног таксономског састава. Разв

Активне хетеротрофне бактерије које фиксирају азот на и испод хемоклина у централном Балтичком мору

Активне хетеротрофне бактерије које фиксирају азот на и испод хемоклина у централном Балтичком мору

Субјекти Биооцеанограпхи Микробна екологија Апстрактан Балтичко море прима велике уносе азота дијазотрофним (Н2-фиксирајућим) хетероцистним цијанобактеријама, али значај хетеротрофне фиксације Н2 није проучен. Овде је испитивана разноликост, обиље и транскрипција нифХ фрагмента ензима нитрогеназе у два слива Балтичког мора. Фиксација Н2 мерена је на површини (5 м) и у аноксичној води (2

Физиолошке и еволуционе студије НАП система у Схеванелла пиезотолеранс ВП3

Физиолошке и еволуционе студије НАП система у Схеванелла пиезотолеранс ВП3

Субјекти Бактеријска еволуција Бактеријски гени Бактеријска физиологија Апстрактан Већина врста Схеванелла садржи две периплазматске нитратне редуктазе (НАП-α и НАП-β), што је јединствена карактеристика овог рода. У овом истраживању физиолошка функција и еволуцијски однос два НАП система проучавани су у дубокоморској бактерији Схеванелла пиезотолеранс ВП3 . Показало се да су оба ВП3 нап генск

Већа разноликост и обиље микроорганизама који денитрификују у окружењима него што је претходно разматрано

Већа разноликост и обиље микроорганизама који денитрификују у окружењима него што је претходно разматрано

Субјекти Микробиологија тла Апстрактан Денитрификација је важан процес у глобалном азотном циклусу. Гени који кодирају НирК и НирС ( нирК и нирС ), који катализују редукцију нитрита у азотни оксид, коришћени су као маркер гени за проучавање еколошког понашања денитрифиатора у околини. Међутим, конвенционални прамери ланчане реакције полимеразом (ПЦР) могу открити само ограничен распон филогенетски различитих нирК и нирС . Стога смо развили нове ПЦР прајмере који покривају различите нирК и нирС . Клонска библиотека и

Просторно ријешено узорковање открива динамичне микробне заједнице у порасту хидротермалних плинова преко базена стражњег лука

Просторно ријешено узорковање открива динамичне микробне заједнице у порасту хидротермалних плинова преко базена стражњег лука

Субјекти Биогеоцхемистри Микробна екологија Апстрактан Унутар хидротермалних плинова, хемосинтетски процеси и интеракције микроба и минерала потичу примарну продуктивност у мрежама хране дубоких океана и могу утицати на транспорт елемената као што је гвожђе. Међутим, извор микроорганизама у пљусковима и фактори који регулишу начин на који се ове заједнице састављају су слабо схваћене, делом и због недостатка података из раних фаза формирања шљива. У овој студији испитивали смо

Сигнално посредовани унакрсни разговор модулира ројење и стварање биофилма у коралном патогену Серратиа марцесценс

Сигнално посредовани унакрсни разговор модулира ројење и стварање биофилма у коралном патогену Серратиа марцесценс

Субјекти Понашање животиња Бактерије Микробна биооцеанографија Симбиоза Апстрактан Интеракције унутар микробних заједница повезаних са морским холобионтима значајно доприносе здрављу ових симбиотских организама формираних од бескраљежњака, динофлагелата и бактерија. Међутим, механизми који контролишу микробиоту повезану са бескраљежњацима још увек нису у потпуности разјашњени. Хидрофобна једињења која су изолована са површина асимптоматских корала инхибирала су стварање биофилма помоћу патогена бе

Животињски простагландини у морским микроалгама

Животињски простагландини у морским микроалгама

Субјекти Молекуларна екологија Трансцриптомицс Апстрактан Дијатоми су међу најуспјешнијим примарним произвођачима у оцеанима и слатким водама. Полазећи од секундарног ендосимбиотског догађаја, дијатоми имају мешовити геном који садржи бактеријске, животињске и биљне гене који кодирају метаболичке путеве што може објаснити њихов еволутивни успех. Проучавајући транскрипт два соја дијатоме Скелетонема маринои , извештавамо, по први пут у микроалгама, о активном стазу простагландина животињског порекла који се различито изражава у два соја. Простагландини су хормонски слични посредници у многим физ

Наглашена сезоналност и велика просторна варијабилност протистичких заједница у плитким слатководним системима

Наглашена сезоналност и велика просторна варијабилност протистичких заједница у плитким слатководним системима

Субјекти Микробиологија воде Апстрактан Мали еукариоти имају кључну улогу у воденим екосуставима, утичући на њихово локално окружење, глобалне биогеохемијске циклусе и климу. Њихов утицај зависи од структуре заједнице која варира у зависности од времена. Међутим, врло мало студија узима у обзир временске варијације. То се

Гљивичне заједнице из морских седимената који садрже метан хидрате у јужном кинеском мору

Гљивичне заједнице из морских седимената који садрже метан хидрате у јужном кинеском мору

Апстрактан Како би се разјаснила разноликост гљивица у морским седиментима који садрже метански хидрат у Јужнокинеском мору, амплификовани су и филогенетски анализирани интерни транскрибирани размични (ИТС) региони гена рРНА из пет различитих узорака ДНК седимента. Конструисано је укупно пет библиотека ИТС-а и 413 клонова одабраних насумично груписани су у 24 рестрикцијска обрасца помоћу Амплифиед Рибосомал ДНА Рестрицтион Аналисис (АРДРА). Одређене су ИТС секвенце 44 репрезентативна кл

Високо структуриране заједнице прокариота постоје у скелету колонијалних колонија

Високо структуриране заједнице прокариота постоје у скелету колонијалних колонија

Субјекти Биодиверзитет Микробиологија животне средине Микробна екологија Микробиом Апстрактан Физиолошке перформансе, преваленца болести и избељивања често су закрчене унутар појединачних колонија корала. На ове одговоре у великој мери утичу микроби повезани са кораљем, али како се микробиом кораља мења на малим просторним скалама никада раније није квантификован. Извели смо кванти

Метаболички траг епифитских бактерија на лишћу Арабидопсис тхалиана

Метаболички траг епифитских бактерија на лишћу Арабидопсис тхалиана

Субјекти Арабидопсис тхалиана Метаболомицс Микробна екологија Физиологија биљака Апстрактан Филосфера, која је дефинисана као делови земаљских биљака изнад земље, је велико станиште за различите микроорганизме који показују висок степен прилагођавања својој средини. Бројне хипотезе су генерисане студијама функционалне геномике независне од културе да би се објаснила конкурентност специјализованих бактерија у филосфери. Супротно томе, недостају подаци ин ситу на нивоу метаболома као функције к

Необична метаболичка разноликост хипералкалифилних микробних заједница повезаних са подземном серпентинизацијом на Кедарима

Необична метаболичка разноликост хипералкалифилних микробних заједница повезаних са подземном серпентинизацијом на Кедарима

Субјекти Биодиверзитет Биогеоцхемистри Апстрактан Вода из извора Цедарс која се испушта из серпентинизованих ултрамафичних стијена одликује се високо базичним (пХ = ~ 12), високо редукцијским ( Е х <–550 мВ) условима, са ниским концентрацијама јона. Ови услови чине опруге изузетно изазовним за живот. Овде извештавамо метагеномске податке и опорављене нацрте генома из два различита извора, ГПС1 и БС5. ГПС1, који се напајао искључиво из извора дуб

Микотрофни хаптофити су кључни бактеријски гразер у олиготрофним приморским водама

Микотрофни хаптофити су кључни бактеријски гразер у олиготрофним приморским водама

Субјекти Биооцеанограпхи Микробна екологија Апстрактан Процјене стопе испаше показују да се отприлике половина бактерија у олиготрофним океанима састоји од микросрофичних флагелата (МФ). Међутим, већина процјена сматра да су алге једнокупна група. Овде смо желели да отворимо црну кутију фитофлагелата (ПФс) <20 µм. Хаптофити, хлорофити, крипто

Толеранција на стрес код биљака помоћу симбиозе прилагођене станишту

Толеранција на стрес код биљака помоћу симбиозе прилагођене станишту

Апстрактан Показујемо да домаћим врстама траве са приморских и геотермалних станишта требају симбиотски гљивични ендофити за толеранцију соли и топлоте. Симбиотички подешена толеранција према стресу је појава специфична за станиште са геотермалним ендофитима који дају топлоту, али не и толеранцију на сол, а обални ендофити који дају сол, али не и толеранцију на топлоту. Исте врсте гљива изолиране из биљака у стаништима лишеним соли или топлотног стреса нису дале ове толеранције на стрес. Штавише, гљивични ендофити са пољопривредних култура су имали отпорност на болести, а не толеранцију на сол

Гљивична заједница на распадајућем лишћу смећа подвргава се брзим сукцесијским променама

Гљивична заједница на распадајућем лишћу смећа подвргава се брзим сукцесијским променама

Субјекти Екосистем екологије Шумска екологија Гљивична екологија Апстрактан Гљивице се сматрају примарним разлагачима мртве биљне биомасе у земаљским екосистемима. Међутим, тренутно знање о сукцесивним променама гљивичних заједница током разградње стеље је ограничено. Овде смо истражили развој гљивичне за

Бактерије које садрже магнетооме и живе као симбионти шкољки

Бактерије које садрже магнетооме и живе као симбионти шкољки

Субјекти Метагеномицс Симбиоза Апстрактан Бактерије које садрже магнетосоме (наночестице магнетита или греигита везане за протеин) су уобичајене за многа седиментна станишта, али никада раније није откривено да живе у неком другом организму. Овде показујемо да су октаедрална укључења у ванћелијским симбионтима морског бивола Тхиасира прим. гоулди садрже гвожђе, могу да показују магнетни контраст и највероватније су магнетосоми. На основу анал

Анализа дубинских мрежа морских бактерија сугерира ширење временских промена према доле

Анализа дубинских мрежа морских бактерија сугерира ширење временских промена према доле

Субјекти Микробна екологија Апстрактан Сматра се да су интеракције микроба и стратификација кроз дубине важни покретачи микробних заједница, мада се мало зна о томе како се микробне асоцијације разликују између и по дубини. Пратили смо микробну заједницу која живи слободно на станици Сан Педро Оцеан временске серије, месечно, током једне деценије, на пет различитих дубина: 5 м, максимални слој дубоког хлороф

Усмерена скупштина бактеријског кворума

Усмерена скупштина бактеријског кворума

Субјекти Примењена микробиологија Апстрактан Много извештаја је расветлило механизме и последице сензибилитета бактеријског кворума (КС), молекуларног система комуникације којим бактеријске ћелије набрајају своју густину ћелија и организују колективно понашање. Међутим, у неколико случајева пријављен је број бактерија које показују ово колективно понашање, било као концентрација броја или као део целине. На пример, не све ћелије у популацији преузимају колективни фенотип. Стога, специ

Биорасположивост гвожђа фитопланктону: емпиријски приступ

Биорасположивост гвожђа фитопланктону: емпиријски приступ

Субјекти Биооцеанограпхи Микробна екологија Апстрактан Фитопланктон је често ограничен гвожђем у воденим срединама. Овде смо испитали биорасположивост Фе за фитопланктон анализом уноса гвожђа из различитих Фе супстрата неколико врста фитопланктона, узгајаних у условима ограничавања Фе, и упоређивањем измерених константа брзине уноса / Фе (брзина уноса / концентрација супстрата). Кад се нехелирано гвожђе, Фе ', пуферирано вишком хелатног агенса ЕДТА користи као Фе супстрат, константе брзине уноса свих врста еукариотских фитопланктона су уско повезане и пропорционалне њиховим површинским повр

Антагонизам утиче на окупљање цеха Бациллус у локалној заједници и приказан је као мрежа ланца хране

Антагонизам утиче на окупљање цеха Бациллус у локалној заједници и приказан је као мрежа ланца хране

Субјекти Бактерије Прехрамбене мреже Апстрактан Разумевање принципа који управљају скупштинама у заједници је централни циљ екологије. Постоје ограничени експериментални докази у природним срединама који показују како су на скупљање микроба у заједницама утицале антагонистичке интеракције. Стога смо анализирали антагонизам међу бактеријским изолатима из таксономски сродног бактеријског цеха добијених са пет места у седиментима из система слатке воде. Хипотетизирали смо да ако би антагонистичке интеракције деловале као обликовачка снага с

Упоредна геномика двају екотипова морског планктонског копиотрофа Алтеромонас мацлеодии сугерира алтернативни начин живота повезан са различитим врстама честица органске материје

Упоредна геномика двају екотипова морског планктонског копиотрофа Алтеромонас мацлеодии сугерира алтернативни начин живота повезан са различитим врстама честица органске материје

Апстрактан Алтеромонас мацлеодии је уобичајени морски хетеротрофни γ-протеобацтериум. Изолирају се из овог микробластера молекуларном анализом у две главне генотипске групе или екотипове, једна пронађена на умереним географским ширинама у горњем воденом стубу, а друга која се у већем делу налази у дубоком воденом колону Средоземља. Овде смо описали геном једног соја 'дубоког екотипа' (АлтДЕ) изолованог са 1000 м у источном Средоземљу и упоредили овај геном са оним типа соја АТЦЦ 27126, који је представник глобалног "површинског" екотипа. Геноми се битно разликују са вредностим

Произвођачи ризобитоксина добијају више поли-3-хидроксибутирата у симбиози него конкурентска ризобија, али смањују раст биљака

Произвођачи ризобитоксина добијају више поли-3-хидроксибутирата у симбиози него конкурентска ризобија, али смањују раст биљака

Апстрактан Санкције махунарки против ризобије која поправља мање азота требало би да појачају избор за корисније генотипове ризобије, али сојеви који пружају малу корист домаћина су чести. Један од разлога може бити тај да нека ризобија хемијски манипулише домаћином, подривајући ефикасност санкција. Овде показујемо да је етиленски инхибитор, риз

Хемијски дисперзатори повећавају активност морских бактерија које разграђују нафту и гас кондензате

Хемијски дисперзатори повећавају активност морских бактерија које разграђују нафту и гас кондензате

Субјекти Метагеномицс Микробна екологија Следеће генерације Трансцриптомицс Апстрактан Примена хемијских средстава за распршивање нафте у морском окружењу је уобичајена пракса да распршују нафту у водени стуб и стимулишу биоразградњу нафте повећавајући његову биорасположивост аутохтоним бактеријама способним да природно метаболизују угљоводонике. У контексту излијевања, биоразградња сирове нафте и кондензата нафте ван источне Канаде је суштинска компонента стратегије за реаговање. У лабораторијским експериментима смо симулирали услове сличне изливању нафте са и без додавања хемијског дисперзива

Активне бактерије ледене нуклеарне киселине у оборинама су генетски разнолике и нуклеарне леда користећи различите механизме

Активне бактерије ледене нуклеарне киселине у оборинама су генетски разнолике и нуклеарне леда користећи различите механизме

Субјекти Зрачна микробиологија Бактериологија Биодиверзитет Апстрактан Све већи број околних доказа упућује на то да активне бактерије нуклеарног лечења (Ице + ) доприносе покретању талога хетерологним смрзавањем супер охлађене воде у облацима. Међутим, мало се зна о концентрацији леда + бактерија у падавинама, њиховој генетској и фенотипској разноликости и њиховом односу према путањи ваздушне масе и хемији падавина. У овом истраживању сакупљена су

Инфекција Иерсиниа пестис и лабораторијски услови мењају бактеријске заједнице повезане са бувама

Инфекција Иерсиниа пестис и лабораторијски услови мењају бактеријске заједнице повезане са бувама

Субјекти Одговор бактеријског домаћина Бактеријска инфекција Микробна екологија Апстрактан Прикупили смо Оропсилла монтана од стенских веверица, Спермопхилус варигатус и заразили подскуп сакупљених бува Иерсиниа пестис , етиолошким агенсом куге. Користили смо бар-означену ДНК пироакцију како бисмо карактерисали бактеријске заједнице дивљих, неинфицираних контрола и заражених бува. Бактеријске заједнице унутар И. пестис- заражених бува биле су знатно слич

Карактеристике генома генералистичке морске бактеријске лозе

Карактеристике генома генералистичке морске бактеријске лозе

Субјекти Еволуциона екологија Морска микробиологија Фхиеноменомицс Апстрактан Припадници марине Росеобацтер лозе окарактерисани су као еколошки генералисти, што сугерише да ће бити проблема са додељивањем таксону добро дефинисане еколошке улоге и биогеокемијских функција. Да би се решило ово питање, анализирани су низови генома 32 Росеобацтер изолата на узорке у карактеристикама генома, попису гена и расподјели појединачног гена / пута користећи три предиктивна оквира: филогенетска сродност, стратегија жи

Разноликост протеиста и бактерија одређује перформансе и стабилност предатора

Разноликост протеиста и бактерија одређује перформансе и стабилност предатора

Субјекти Бактерије Прехрамбене мреже Микробна екологија Апстрактан Предатион утиче на разноликост и продуктивност, док утиче на ток и прерасподелу органских хранљивих материја у биомасу на вишим трофичким нивоима. Међутим, непознато је како бактеријски протисти утичу на разноликост њиховог бактеријског плена. Користећи 456 микрокозмоса, у којима су различите бактеријске смеше са једнаким почет

Фенотипска пластичност у хетеротрофним морским микробним заједницама у континуираним културама

Фенотипска пластичност у хетеротрофним морским микробним заједницама у континуираним културама

Субјекти Микробна екологија Апстрактан Фенотипска пластичност (ПП) је развој алтернативних фенотипа датог таксона као прилагођавање условима животне средине. Методолошка ограничења ограничила су квантификацију ПП на мерење неколико особина у једном организму. Користили смо метатранскриптомске библиотеке да бисмо превазишли ове изазове и проценили ПП користећи изражене гене више хетеротрофних организама као прокси за особине микробне заједнице. Метатранскриптоми су прикупили експ

Концепт вироцелије и микробиологија животне средине

Концепт вироцелије и микробиологија животне средине

Субјекти Микробиологија животне средине Вирологија Велики повратак вируса Попис вирусних честица у узорцима животне средине помоћу флуоресцентне електронске микроскопије и преносне електронске микроскопије сугерише да вируси представљају најбројније биолошке целине на нашој планети. Поред тога, метагеномске анализе фокусиране на вирусе (вироми) показале су да су вирусни геноми велики резервоар нове генетске разноликости (Кристенсен и др., 2010; Мокили и сар., 2012). Ова опажања су уверила већину микробиолога да вируси, "м

Обиље, састав, разноликост и новост протеобактерија у тлу

Обиље, састав, разноликост и новост протеобактерија у тлу

Апстрактан Истраживања гена мале подјединице (16С) на рРНА генерисући клонове близу рСке у целој дужини од 16С нуде јединствену прилику за дубинску филогенетску анализу како би се истакла ширина разноликости унутар различитих главних бактеријских фила у земљи. Ова студија нуди детаљну филогенетску анализу клонова који припадају протеобактеријама идентификованих из 13 001 скоро целовитих клонова гена од 16РРНК од 16С, добијених из високо-травнатог преријског тла Оклахома.

Везе између биљних и гљивичних заједница преко хроношње последица крчења шума у ​​амазонској прашуми

Везе између биљних и гљивичних заједница преко хроношње последица крчења шума у ​​амазонској прашуми

Субјекти Биодиверзитет Екологија заједнице Гљивична екологија Екологија биљака Исправљање овог чланка објављено је 24. јуна 2014 Овај чланак је ажуриран Апстрактан Разумевање интеракција микробних заједница, биљних заједница и својстава тла после крчења шума могло би пружити увид у дугорочне ефекте промене употребе земљишта на функције екосистема, а може помоћи и у проналажењу приступа који промовишу опоравак деградираних локација. Комбиновали смо секвенцијално секвенционирање гљивичне рДНА и молекуларно баркодирање биљних корена како бисмо проценили састав гљивица и биљних заједница у земљишту

Неочекиване геномске особине код раширених унутарћелијских бактерија: доказ о покретљивости морских кламидија

Неочекиване геномске особине код раширених унутарћелијских бактерија: доказ о покретљивости морских кламидија

Субјекти Бактеријска еволуција Бактеријска геномика Симбиоза Апстрактан Цхламидиае су облигате унутарћелијских бактерија које садрже важне људске патогене и симбионте протеиста. Молекуларни докази указују на огромну разноликост кламидија посебно у морским срединама, али наша тренутна сазнања заснивају се углавном на земаљским предс

Геномски увиди у САР86, обилна и некултивирана морска бактеријска лоза

Геномски увиди у САР86, обилна и некултивирана морска бактеријска лоза

Апстрактан Бактерије у класу 16С рРНА САР86 су међу најобичнијим некултивираним састојцима микробних склопова у површинском океану за које је тренутно мало података о геномима. Биоинформатске технике су коришћене за сакупљање два скоро комплетна генома из морских метагенома, а једноћелијско секвенционирање је обезбедило

„Спужвасте“ бактерије су распрострањене (али ретке) у различитим морским срединама

„Спужвасте“ бактерије су распрострањене (али ретке) у различитим морским срединама

Субјекти Биодиверзитет Морска микробиологија Апстрактан Бројне студије су објавиле постојање генско секвенцијалних кластера гена за 16С рибосомалну РНА (рРНА), који представљају бактерије које се налазе у спужвама, али нису откривене у другим срединама, као што је морска вода. Појава технологија дубоког секвенцирања омогућава нам да испитамо ретку микробну биосферу како бисмо утврдили да ли су ове бактерије заиста специфичне сундјерима или су широко распрострањене, али само у обиљу испод границе детекци

Ин ситу експресија еукариотских протеина који везују лед у микробним заједницама арктичког и антарктичког леда

Ин ситу експресија еукариотских протеина који везују лед у микробним заједницама арктичког и антарктичког леда

Субјекти Микробне заједнице Секвенцирање Микробиологија воде Апстрактан Протеини који везују лед (ИБП) изоловани су из различитих организама са морским ледом. Њихова карактеризација указује на пресудну улогу у заштити организама у под-нултим окружењима. Међутим, њихово ин ситу обиље и разноликост у природним микробним заједницама морског леда углавном је непозната. У овом истраживању анализирали смо експресију и филогенетску разноликост еукариотских ИБП транскрипат

Еволуциона анализа рационализоване лозе површинских океана Росеобацтерс

Еволуциона анализа рационализоване лозе површинских океана Росеобацтерс

Субјекти Бактеријска геномика Морска микробиологија Филогенетика Апстрактан Велика већина бактерија на површинском океану је некултивисана. У поређењу са својим култивисаним сродницима, они често показују рационалан геном, смањени садржај Г + Ц и различит генски репертоар. Ове геномске особине су релевантне за прилагођавање животној средини и за њих се обично сматра да се селекцијом фиксирају у морској популацији бактерија. Користећи једноћелијску геномику, секвенцирали смо четири некултивиране ћелије

Диференцијални доприноси оксиданса амонијака и нитрит оксиданса нитрификацији на четири необрађена тла

Диференцијални доприноси оксиданса амонијака и нитрит оксиданса нитрификацији на четири необрађена тла

Субјекти Микробиологија тла Апстрактан Орадена поља риже карактеришу редовне поплаве и гнојидба азотом, али функционални значај аеробних оксидатора амонијака и нитритних оксидатора под јединственим управљањем пољопривредом је слабо разумљив. У овом истраживању извештавамо о различитом доприносу археје оксидационих амонијаком (АОА), бактерија (АОБ) и бактерија које оксидују нитрит (НОБ) нитрификацији на четири необрађена тла из различитих географск

Биодиверзитет бентоских микробних заједница у биотурбираним приморским седиментима контролише геохемијска микроника

Биодиверзитет бентоских микробних заједница у биотурбираним приморским седиментима контролише геохемијска микроника

Апстрактан Користили смо комбинацију теренских и лабораторијских приступа да се позабавимо како биотурбациона активност двају ракова, козица духова Неотрипаеа цалифорниенсис и шкриљаца Уца цренулата , утиче на микробну разноликост у морском дну обалне лагуне (лука Цаталина, острво Санта Цаталина, ЦА, САД). Детаљне геохемијске анализе, укључујући мерења микросензора за кисеоник, извршене су да би се карактерисали параметри околине. Користили смо приступ отиска прста целог склопа (АРИСА: појачана рибосомална интергенична анализа размака) да упоредимо разноликос

Ријетки клон фосмида САР11 који потврђује генетску варијабилност у геному „Цандидатус Пелагибацтер убикуе“

Ријетки клон фосмида САР11 који потврђује генетску варијабилност у геному „Цандидатус Пелагибацтер убикуе“

Апстрактан Анализа секвенце је описана фосмидним клоном из обалне морске метагеномске библиотеке који садржи 16С рРНА ген с великом сличношћу у секвенци са бактеријом САР11 ' Цандидатус Пелагибацтер убикуе' ХТЦЦ1062. Секвенца фосмидног клона је била дужина 32 086 бп и садржавала је 23 187 бп хипер-променљиве регије 2 (ХВР2) која је присутна у геному Цанд . П. убикуе '. Међутим, полови

Геномска реконструкција више родова некултурних бентоских арха сугерира различите биогеохемијске улоге и еколошке нише

Геномска реконструкција више родова некултурних бентоских арха сугерира различите биогеохемијске улоге и еколошке нише

Субјекти Арцхаеа Микробиологија животне средине Микробна екологија Исправљање овог чланка објављено је 21. марта 2017 Апстрактан Геномске посуде које припадају више археолошких родова извучене су из различитих редокс режима у седиментима естуарија реке Бели храст. Реконструисани археолошки геноми су идентификовани као припадници подскупина риже подгрупа ИИИ и В (РЦ-ИИИ, РЦ-В), морске бентошке групе Д (МБГ-Д) и ново описане архејске класе, Тхеионарцхаеа. Метаболичке способности ове

Значајна фиксација ЦО2 малим признесиофитима у суптропском и тропском североисточном Атлантском океану

Значајна фиксација ЦО2 малим признесиофитима у суптропском и тропском североисточном Атлантском океану

Субјекти Микробна биооцеанографија Микробна екологија Оригинални чланак објављен је 15. априла 2010 Исправка у: ИСМЕ Јоурнал (2010) 4 , 1180–1192; дои: 10.1038 / исмеј.2010.36 Од објављивања овог чланка аутори су приметили да јединице за брзину фиксације ЦО 2 за биомасу нису тачне (на пример, у табели 2 и на слици 4). Јединице за специфичну стопу фиксације ЦО 2 у биомаси требале би бити гЦ гЦ -1 х -1 током целог рукописа. Аутори би се желели извинити за евентуалне непријатности. Аутори Потражите Лудвиг Јардиллиер у: Часописи за истра

Компост од грожђе из комине садржи врсте Дехалогенимонас који спајају органохалиде са новим редуктивним генима дехалогеназе

Компост од грожђе из комине садржи врсте Дехалогенимонас који спајају органохалиде са новим редуктивним генима дехалогеназе

Субјекти Примењена микробиологија Санација загађења Микробиологија тла Апстрактан Органохалидне бактерије имају кључну улогу у циклусу природног хлора; међутим, већина тренутних сазнања заснива се на културама из контаминиране средине. Ми показујемо да компост од комине грожђа без претходног излагања хлорованим растварачима садржи врсту Дехалогенимонас ( Дхгм ) која може да користи хлорисане етене, укључујући канцероген за људе и уобич

Алкална фосфатаза ПхоКс је шире распрострањена у морским бактеријама него код класичне ПхоА

Алкална фосфатаза ПхоКс је шире распрострањена у морским бактеријама него код класичне ПхоА

Апстрактан Фосфор (П) је витална храњива материја за све живе организме и може контролисати раст бактерија у океану. Бактерије индукују алкалне фосфатазе када аноргански фосфат (П и ) није довољан да испуни њихове П-захтеве, и зато су мерења активности алкалне фосфатазе коришћена за процену П-статуса микробних састава. У овом истраживању проучаване су молекуларне основе морских бактеријских фосфатаза и њихова потенцијална улога у окружењу. Открили смо да је само ограничен број хомолога класичној алкалијској фосфатази Есцхерицхиа цоли (ПхоА) присутан у морским изолатима у линија

Отпорност подповршинског екосистема: дуготрајно слабљење подземних контаминаната подржава динамичку микробну заједницу

Отпорност подповршинског екосистема: дуготрајно слабљење подземних контаминаната подржава динамичку микробну заједницу

Апстрактан Склоност опоравку екосистема подземне воде од контаминације органским хемикалијама (у овом случају отпадом од угљеног катрана) је од виталне важности за научнике и инжењере који управљају загађеним местима. Процеси чишћења микробно посредовани су такође занимљиви еколозима јер су важан механизам за отпорност екосистема. У овом истраживању утврђујемо дугорочну динамичку природу локације за

Подјела ресурса у вези са суживотом врста Лацтобациллус у мишјем шумом

Подјела ресурса у вези са суживотом врста Лацтобациллус у мишјем шумом

Апстрактан Филогенетска анализа цревних заједница кичмењака је напредна, али односи, нарочито на трофичном нивоу, између чланова који деле станишта црева моногастричних животиња нису ни у којој мери истражени. Лацтобациллус реутери сој 100–23 и Лацтобациллус јохнсонии соју 100–33 кохабиту у шуми мишева. Према принципу искључења из нише, то не би требало бити могуће јер оба соја могу

Увид у метаболизам, животни стил и претпостављену еволуцијску историју новог археолошког форума 'Диапхеротритес'

Увид у метаболизам, животни стил и претпостављену еволуцијску историју новог археолошког форума 'Диапхеротритес'

Субјекти Археална геномика Апстрактан На основу филогеномских анализа генома опорављених из подземне воде у напуштеном руднику злата (рудник Хоместаке у Леад, СД, САД) недавно је предложен археални типик "Диапхеротритес". Овде ћемо представити детаљну анализу метаболичких способности и генских карактеристика три појединачна појачана генома (САГ) која припадају „Дијаферотритима“. Најпотпунији од САГ-ова,

Високе стопе денитрификације и уклањања нитрата у седиментима са хладним траговима

Високе стопе денитрификације и уклањања нитрата у седиментима са хладним траговима

Субјекти Биофилми Биогеоцхемистри Микробна биооцеанографија Апстрактан Измерили смо стопе денитрификације и уклањања нитрата у седиментима са хладним просијавањем из Мексичког заљева. Хетеротрофне стопе потенцијала денитрификације одређиване су у инкубацијама временских серија. Површински седименти насељени Беггиатоом показали су веће хетротр

Прекид транспорта угљеника у коријену у шумски хумус подстиче гљивичне опортунисте на штету микоризних гљивица

Прекид транспорта угљеника у коријену у шумски хумус подстиче гљивичне опортунисте на штету микоризних гљивица

Субјекти Шумска екологија Гљивична екологија Апстрактан Ектомикоризне гљиве доминирају у хумусним слојевима бореалних шума. Они зависе од угљених хидрата који се транслоцирају кроз корење, преко гљивичног мицелија до микросита у земљишту, где се хране хранљивим састојцима. Микоризне гљивице су стога осетљиве на поремећаје ометања који могу да ограниче њихову снабдевање угљеником. Прекидајући коренске везе, изазвали смо нагли пад обилности мицелија микоризе и проучавали последичне ефекте на раст и акти

Станиште станишта иницира промене у саставу, размени ЦО2 гаса и Ц-расподјеле као животне особине у биолошким тло-коре

Станиште станишта иницира промене у саставу, размени ЦО2 гаса и Ц-расподјеле као животне особине у биолошким тло-коре

Субјекти Екофизиологија Микробиологија тла Апстрактан Биолошке коре тла (БСЦ) су доминантна функционална вегетациона јединица у неким од најоштријих станишта на свету. Проценили смо одговор БСЦ-а на стрес кроз промене у биотском саставу, размену гасова ЦО и расподелу угљеника у три БСЦ са доминираним лишајеви

Микробни микрокозмови нахрањени метаном показују различиту динамику заједнице и тачне таксоне укључене у комунални одговор

Микробни микрокозмови нахрањени метаном показују различиту динамику заједнице и тачне таксоне укључене у комунални одговор

Субјекти Микробиологија воде Апстрактан Извештавамо о опажањима динамике бактеријских заједница као одговора на метански стимулус у лабораторијским инкубацијама микрокосмоса припремљеним са узорцима седимента језера. Прво смо измерили таксономске композиције култура дугогодишњег обогаћивања и утврдили да, иако доминирају типови Метхилоцоццацеае , ове културе такође садрже пратеће типове који припадају ог

Природна привлачност мириса између бактерија млечне киселине и нематоде Цаенорхабдитис елеганс

Природна привлачност мириса између бактерија млечне киселине и нематоде Цаенорхабдитис елеганс

Субјекти Молекуларна екологија Апстрактан Животињски предатори могу пратити плен користећи свој оштар мирис. Бактериоворозна нематода Цаенорхабдитис елеганс користи осетљиве олфакторне сензорне неуроне који изражавају мирисе на кичмењаке, како би лоцирали бактерије. Ц. елеганс показује понашања везана за мирисе попут привлачности, одбојности и прилагођавања, али еколошки значај тих понашања није познат. Употребом комбинације микробиологије хране и генетике, разјаснили смо могућу везу грабежљив

Метатранскриптомске анализе хлорофототрофа микро врећица са врелим изворима

Метатранскриптомске анализе хлорофототрофа микро врећица са врелим изворима

Субјекти Екофизиологија Микробна екологија Фотосинтеза Трансцриптомицс Апстрактан Фототрофична микробна заједница Мусхроом Спринг, алкално силицијумског врелог извора у националном парку Иелловстоне, проучавана је метатранскриптомским методама. РНК је екстрахована из узорака простирки прикупљених у четири временске тачке током прелаза светло-тамно и тамно-светло у једном циклусу диел-а, а ови РНА узорци су анализирани и помоћу пиро-следења и СОЛиД технологи

Микробиом површинске слузи кораља има кључну улогу у посредовању здравља холобионата и преживљавању након поремећаја

Микробиом површинске слузи кораља има кључну улогу у посредовању здравља холобионата и преживљавању након поремећаја

Субјекти Микробна екологија Апстрактан Микроби су добро препознати чланови коралног холобионта. Међутим, мало се зна о краткорочној динамици микробних заједница повезаних са слузи у природним условима и после поремећаја, и како се та динамика односи на здравље домаћина. Овде смо испитали природну променљивост прокариотских заједница (заснованих на секвенцирању 16С рибосомалног РНА гена) повезане са површинским слојем слузи (СМЛ) Поритес астреоидес, врсте која показује циклично старење и пропад

Хидрогеназни чип: облога олигонуклеотидне ДНК микрораста за карактеристику микроба који стварају водоник и конзумира микробе у микробним заједницама

Хидрогеназни чип: облога олигонуклеотидне ДНК микрораста за карактеристику микроба који стварају водоник и конзумира микробе у микробним заједницама

Апстрактан Развили смо опсежну методу за идентификацију кључних микроорганизама који стварају и конзумирају водоник помоћу анализе садржаја гена хидрогеназе и експресије у сложеним анаеробним микробним заједницама. Метода се заснива на микрорезумену ДНА олигонуклеотидног гена хидрогеназе (Хидрогенасе Цхип) који примењује велики број сонди по гену вежући секвенце сонди преко гена од интереса за покр

Синбиотиц приступ обнавља цријевну хомеостазу и продужава преживљавање код леукемичних мишева с кахексијом

Синбиотиц приступ обнавља цријевну хомеостазу и продужава преживљавање код леукемичних мишева с кахексијом

Субјекти Интестиналне болести Микробиом Апстрактан Кахексија рака је мултифакторски синдром који укључује губитак мишића и упалу. Како микроби црева утичу на имунитет домаћина и метаболизам, истражили смо улогу микробиоте црева у терапијском управљању рака и придружене кахексије. Анализа микробиома целика у целој заједници у два мишја модела кахексије карцинома (акутна леукемија или поткожна трансплантација ћелија рака дебелог црева) идентификовала је уобичајене потписе микроба, укључујући смањени Лацтобациллус спп

Еволуциона конвергенција у експерименталним популацијама Псеудомонас

Еволуциона конвергенција у експерименталним популацијама Псеудомонас

Субјекти Бактеријска генетика Биофилми Еволуција Апстрактан Модел микробних система пружа могућност разумевања генетских основа еколошких карактеристика, њихове еволуције, регулације и доприноса кондицији. Експерименталне популације Псеудомонас флуоресценс се брзо разилазе у просторно структурираним микрокосмосима, стварајући низ површинских колонизирајућих облика. Упркос дивергентн

Ухватите ме ако можете: распршивање и храњење Бделловибрио бактериоворус 109Ј уз мицелију

Ухватите ме ако можете: распршивање и храњење Бделловибрио бактериоворус 109Ј уз мицелију

Субјекти Микробне заједнице Микробиологија животне средине Апстрактан Да би се носиле са хетерогеним окружењем и расподјелом ресурса, нитасте гљивице су еволуирале просторно екстензивно, омогућујући њиховим хифама да продру у интерфејс ваздух-вода и прођу кроз поре испуњене ваздухом. Такве мицелије су познате и као ширење мрежа за мобилизацију бактерија (гљивичне магистрале) и повезивање микроорганизама са микроба. До сада се, међутим, ништа не зна о ефекту расејања заснованог на мицелији на интеракције између бактеријски

Мембранске везикуле у природном окружењу: главни изазов у ​​вирусној екологији

Мембранске везикуле у природном окружењу: главни изазов у ​​вирусној екологији

Субјекти Микробна екологија Вирологија Производња везикула ванћелијске мембране (у даљем тексту МВ) је универзално ћелијско својство, заједничко за три домена живота (Деатхераге и Цооксон, 2012). Конкретно, деценијама је познато да бактерије, укључујући морске врсте, производе МВ у лабораторији, али иу биофилима или током инфекција (Сцхоолинг и Беверид

Хладна адаптација регулисана криптичним ексцизијама профага у Схеванелла онеиденсис

Хладна адаптација регулисана криптичним ексцизијама профага у Схеванелла онеиденсис

Субјекти Микробиологија животне средине Микробна екологија Апстрактан Међу стресима које околина доживљава од бактерија, температурни помаци су један од најважнијих. У овом истраживању открили смо нови механизам адаптације хладне врсте у Схеванелла онеиденсис који се јавља на нивоу ДНК и који се регулише кр

Ацетоцластиц метаноесета су доминантни метаногени у морским седиментима који су богати органски

Ацетоцластиц метаноесета су доминантни метаногени у морским седиментима који су богати органски

Субјекти Биогеоцхемистри Апстрактан Упркос томе што чини већину седиментног метана, физиологија и релативно обиље подземних метаногена и даље су слабо разумети. Комбиновали смо нетакнуте поларне липидне и метагеномске технике како бисмо боље ограничили присуство и функције метаногена у високо редуктивним, органским богатима седиментима Адериовог базена на Антарктику. Скупом података метагеномских секвенци идентификовани су филогени и функционални маркер гени метаногена и генерисани су први Метханосаета сп. геном из дубоког подземног седиментног окружења. На основу структурних и изотопских мерењ

Микроканали егзополисахарида усмеравају бактеријску покретљивост и организују вишећелијско понашање

Микроканали егзополисахарида усмеравају бактеријску покретљивост и организују вишећелијско понашање

Субјекти Микробне заједнице Апстрактан Микобацтериа су породица земљаних бактерија које формирају биофилмове сложене архитектуре, поравнати вишеслојне ројеве или плодне телесне структуре које су једноставни или разгранати агрегати који садрже миксоспоре. Овде смо испитали структурну улогу матричног егзополизахарида (ЕПС) у организацији ових бактеријских ћелија које живе у површини. Помоћу временске лапсе светлости и флуоресцентне микроскопије, као и преносне електронске м

Динамика преношења настале заразне болести у дивљој животињи кроз репродуктивне циклусе домаћина

Динамика преношења настале заразне болести у дивљој животињи кроз репродуктивне циклусе домаћина

Субјекти Узгој животиња Вирусна инфекција Пренос вируса Апстрактан Настале заразне болести главна су претња популацији дивљих животиња. Да бисмо побољшали наше разумевање динамике ових болести, истраживали смо како репродуктивно понашање домаћина и сезонско варирање температуре усмеравају пренос инфекција међу дивљим домаћинима, користећи моделни систем ципринид херпесвирус 3 (ЦиХВ-3) болести код обичног шарана. Наши главни налази су следећи: (1) истраживање серопреваленције показало је да се ЦиХВ-3 инфекција дешава углавном код одраслих домаћина, (2) квантитативни тест за ЦиХВ-3 код популације

Преградња бактеријског транскрипта током секвенцијалне ко-културе морским динофлагелатом и дијатомом

Преградња бактеријског транскрипта током секвенцијалне ко-културе морским динофлагелатом и дијатомом

Субјекти Биооцеанограпхи Микробна екологија Апстрактан У својој улози примарних произвођача, морски фитопланктон модулира хетеротрофне бактеријске активности кроз разлике у врстама и количинама органске материје коју ослобађају. Ова студија истражује транскрипцијски одговор бактерије Руегериа помероии , члана кладе Росеобацтер за коју се зна да се повезује са различитим фитопланктонским групама у океану, током промене таксон

Метагеномија са циљаним геномом открива велику разноликост гена ароматичне диоксигеназе у околини

Метагеномија са циљаним геномом открива велику разноликост гена ароматичне диоксигеназе у околини

Апстрактан Разумевање односа између генске разноликости и функције за важне еколошке процесе главни је еколошки истраживачки циљ. Применили смо метагеномију намењену гену и пироцесирање на генима ароматске диоксигеназе да бисмо добили већу дубину секвенце него што је то могуће другим методама. Сет прајмера полимеразне ланчане реакције (ПЦР) дизајниран да циља 524-бп регију која даје субстратну специфичност бифенил диоксигеназа дало је 2000 и 604 секвенце са 5 'и 3' краја ПЦР производа, што је испунило наше критеријуме валидности. У

Истраживање нуклео-цитоплазматских вируса ДНА у микробним метагеному Оцеана

Истраживање нуклео-цитоплазматских вируса ДНА у микробним метагеному Оцеана

Субјекти Метагеномицс Микробна биооцеанографија Апстрактан Нуклео-цитоплазматски велики ДНК вируси (НЦЛДВ) чине групу еукариотских вируса који могу имати пресудну еколошку улогу у мору убрзавањем промета својих једноћелијских домаћина или изазивањем болести код животиња. Да бисмо боље окарактерисали разноликост, обиље и биогеографију морских НЦЛДВ-а, анализирали смо 17 метагенома изведених из микробних узорака (распон величине 0, 2–1, 6 µм) прикупљених током експедиције Тара океана. Скуп узорака укључ

Снимање најтраженијих својти путем корелацијских узорака

Снимање најтраженијих својти путем корелацијских узорака

Субјекти Примењена микробиологија Метагеномицс Апстрактан Хуман Мицробиоме Пројецт (ХМП) идентификовао је генске секвенце 16С рРНА 'најтраженијих' својти - превладавајуће у здравој људској микробиоти, али удаљене од раније познатих секвенци. Од 2012. неколико је одговарајућих генома изоловано и секвенционирано, и то само напредним техникама изолације. Показујемо да се геноми најтраженијих својти могу рачунално идентификовати помоћу њихове в

Еволуција метаболичке дивергенције код Псеудомонас аеругиноса током дуготрајне инфекције олакшава међудржавну међудржавну интеракцију

Еволуција метаболичке дивергенције код Псеудомонас аеругиноса током дуготрајне инфекције олакшава међудржавну међудржавну интеракцију

Субјекти Микробна екологија Апстрактан Утицај полимикробних интеракција на физиологију патогена и како то може деловати или да ограничи колонизацију патогена или да потенцира ширење и вируленцију патогена нису добро разумети. Псеудомонас аеругиноса и Стапхилоцоццус ауреус су опортунистички патогени који се обично налазе у полимикробним инфекцијама код људи. Међутим, претходно смо показали да интеракције између ове д

Рано колонизација Есцхерицхиа цоли изазива преуређивање епитела колоније штакора према померању ка новом хомеостатском стању

Рано колонизација Есцхерицхиа цоли изазива преуређивање епитела колоније штакора према померању ка новом хомеостатском стању

Субјекти Дебело црево Мицробиота Апстрактан Истражили смо ефекте раних колонизирајућих бактерија на епител дебелог црева. Издвојили смо доминантне бактерије, Есцхерицхиа цоли , Ентероцоццус фаецалис , Лацтобациллус интестиналис , Цлостридиум унецуум и нови Фусобацтериум спп. Из цревних садржаја конвенционалних пацова за дојиље и пренијели их у различитим комбинацијама у одрасле пацове који су клицали (ГФ). Животиње су испитиване након различитих времена до 21 дана. Пролиферативни ћелијски маркери (Ки67, п

Режим храњивих састојака регулише употребу сложеног транскрипционог места у оквиру гена кластера Псеудоалтеромонас хитиназе

Режим храњивих састојака регулише употребу сложеног транскрипционог места у оквиру гена кластера Псеудоалтеромонас хитиназе

Апстрактан Кластер гена хитиназе морске бактерије Псеудоалтеромонас сп. С91, цхиАБЦ , који производи главне хитиназе овог сп., Је преписан као оперон и из сваког појединог гена. нађено је да цхиА , цхиБ и цхиЦ поседују вишеструке почетне тачке транскрипције (ТСП), чија употреба је одређена хранљивим режимом кориштеним

Род Мицромоноспора распрострањен је у нодулама корена легуминозе: пример Лупинус ангустифолиус

Род Мицромоноспора распрострањен је у нодулама корена легуминозе: пример Лупинус ангустифолиус

Субјекти Микробна екологија Микробиологија тла Симбиоза Апстрактан Наше тренутно знање о интеракцији биљка-микроби показују да популације које настањују биљку домаћина нису ограничене на једну микробну врсту, већ садрже неколико родова и врста. Нико не зна да ли заједнице унутар биљака међусобно делују, а нагађа се да су корисни ефекти резултат њихових комбинованих активности. Током еколошке студије бактеријских заједница које учвршћују азот из врст

Молекуларно сондирање за специфичне лозе открива нову разноликост и еколошку поделу хаплоспоридијана

Молекуларно сондирање за специфичне лозе открива нову разноликост и еколошку поделу хаплоспоридијана

Субјекти Биооцеанограпхи Микробна екологија Паразитологија Апстрактан Хаплоспоридијани су ризитарни паразити углавном морских бескраљежњака. Они укључују узрочнике болести комерцијално важних мекушаца, укључујући МСКС болест у остриге. Упркос важности за сигурност хране, њихова разноликост и дистрибуција су слабо познати. Користили смо комбинацију групно специфичних ПЦР прајмера за испитивање узорака ДНК из окружења из планктонског и бент

Сензор кворума штити сурадњу бактерија од искориштавања варалицама

Сензор кворума штити сурадњу бактерија од искориштавања варалицама

Субјекти Микробна екологија Апстрактан Сензор кворума (КС) је систем ћелија-ћелија за комуникацију који се налази у многим бактеријским врстама, а обично контролише својства излучених колаборативних својстава, укључујући изванстаничне пробавне ензиме. Показујемо да канонска КС регулаторна архитектура омогућава бактеријама да осете генотипски састав популације високе густине и ограничавају инвестицијска улагања у друштвена окружења обогаћена за кооператере. Корис

Хранљиви састојци изазивају транскрипцијске промене које одржавају метаболичку хомеостазу али мењају архитектуру генома у Мицроцистис-у

Хранљиви састојци изазивају транскрипцијске промене које одржавају метаболичку хомеостазу али мењају архитектуру генома у Мицроцистис-у

Субјекти Слатководна екологија Микробна екологија Трансцриптомицс Исправљање овог чланка објављено је 23. септембра 2014 Овај чланак је ажуриран Апстрактан Цијанобактерија Мицроцистис аеругиноса је глобално дистрибуирани организам који формира цват, који деградира слатководне системе широм света. Чимбеници који покрећу његову дисперзију, диверзификацију и успјех остају, међутим, слабо схваћени. Да би се развио увид у реакције ћелијског нивоа на покретаче еутрофикације храњивим материјама, секвенцирање РНА је повезано са свеобухватним метаболоми

Живот на ивици: функционални генски одговор Игницоццус хоспиталис на присуство Наноарцхаеум екуитанс

Живот на ивици: функционални генски одговор Игницоццус хоспиталис на присуство Наноарцхаеум екуитанс

Субјекти Археална геномика Еволуциона биологија Функционална геномика Динамика становништва Апстрактан Морски хипертермофилни кренарцхаеон Игницоццус хоспиталис подржава ширење на површини Наноарцхаеум екуитанс , еволуцијски енигматичног археона који подсећа на високо изведене паразитске и симбиотске бактерије. Ћелијски и молекуларни механизми који омогућавају овај међусобни однос и интимне физиолошке последице за И. хоспиталис нису познати. Овде смо користили усклађене протеомске и транскриптомске анализе како бисмо испитали функционални геномски одговор И. хоспиталис док се Н. ек

Потрага за обједињеним погледом колонизације земљишта бактеријама

Потрага за обједињеним погледом колонизације земљишта бактеријама

Субјекти Метагеномицс Микробна екологија Филогенетика Апстрактан Истраживање молекуларних механизама који стоје на основи транзиције бактерија вода-земља представља критични почетак према бољем разумијевању функционисања и стабилности копнених екосистема. Овде изводимо свеобухватне анализе засноване на великом броју бактерија интегришући таксономске, филогенетске и метагеномске податке, у потрази за јединственим погледом који разјашњава геномску, еволуцијску и еколошку динамик

Примена стабилног изотопског сондирања за идентификовање кључних микроорганизама који смањују гвожђе који су укључени у анаеробну разградњу бензена

Примена стабилног изотопског сондирања за идентификовање кључних микроорганизама који смањују гвожђе који су укључени у анаеробну разградњу бензена

Апстрактан Овде представљамо детаљну функционалну и филогенетску карактеристику културе обогаћивања гвожђе-редукцијом коју одржава у нашој лабораторији бензен као једини извор угљеника и енергије. Користили смо ДНА стабилно изотопско сондирање за идентификацију микроба у обогаћивању који су најактивнији у асимилацији 13 Ц-обележаја. Када су као упоредни супстрати д

Функционални однос између Цампилобацтер цонцисус и екосистема желуца у здрављу и болести

Функционални однос између Цампилобацтер цонцисус и екосистема желуца у здрављу и болести

Субјекти Микробна екологија Мицробиота Наша група је са великим интересовањем прочитала чланак вон Росенвинге ет ал. (2013) о карактеризацији микробиота присутног у стомачној течности коришћењем 16С рибосомалне ДНК и рибосомалног РНА секвенце. Гастрична киселост и протеолитички ензими делују као препрека гутању микроба и на тај начин утичу на микробну екологију целог гастроинтестиналног тракта (ГИТ). Томе у прилог иду и налази вон Росенвинг

АХЛ-корумски сензорски кругови: њихова учесталост и функција међу протеобактеријама

АХЛ-корумски сензорски кругови: њихова учесталост и функција међу протеобактеријама

Сада је очигледно да бактерије користе регулаторне системе зване кворум сензор (КС) како би осетили густоћу своје популације. Такви системи зависе од производње сигналних молекула који активирају специфичне гене када сигнал достигне критичну граничну концентрацију. Такви гени регулисани КС-ом производе фенотипове који захтевају координисано понашање да би пренели конкурентску предност популацији (попут стварања биофилма и патогенезе). Најбољи окарактерисани КС систем је онај који покрећ

Биогеографија и разноликост Цоллодариа (Радиолариа) у глобалном океану

Биогеографија и разноликост Цоллодариа (Радиолариа) у глобалном океану

Субјекти Биодиверзитет Микробна биооцеанографија Апстрактан Колодарије су хетеротрофни морски протисти који постоје или као велике колоније састављене од стотина ћелија или као велике самотне ћелије. Све описане врсте до сада садрже унутарћелијске микроалге као фотосимбионте. Иако су недавна истраживања разноликости животне средине заснована на молекуларним методама пок

Молекуларни докази ограничавања и доступности гвожђа у глобалном дијазотрофу Триходезмијума

Молекуларни докази ограничавања и доступности гвожђа у глобалном дијазотрофу Триходезмијума

Субјекти Бактеријска физиологија Биогеоцхемистри Микробна биооцеанографија Молекуларна еволуција Апстрактан Активност цијанобактеријског рода Трицходесмиум који поправља Н2 је критична за глобални циклус азота (Н) и угљеника (Ц). Иако се показало да је гвожђе (Фе) важан елемент који ограничава раст и фиксацију Н2 триходезмија , нема специфичних података који би инфицирали ин ситу утицај Фе на триходмијум . Испитали смо поп

Производња сидерофора и формирање биофилма као повезане друштвене особине

Производња сидерофора и формирање биофилма као повезане друштвене особине

Апстрактан Вируленција патогених микроба може зависити од појединачних ћелија које сарађују у заједничкој производњи молекула које олакшавају колонизацију или експлоатацију домаћина. Међутим, сарадничке групе могу бити искоришћене од стране социјалних превара или 'варалица'. Разумевање екологије и еволуције сарадње је стога важно за

Карактеризација мешовите динамике популације микроба коришћењем анализа временских серија

Карактеризација мешовите динамике популације микроба коришћењем анализа временских серија

Апстрактан Због општег недостатка временских података о популацији, динамичке структуре у микробним заједницама остају углавном неистражене. Познавање динамике заједнице је, међутим, од суштинског значаја за разумевање механизама помоћу којих микроби комуницирају. Овде смо користили рачунски приступ за квантификацију бактерија у популацијама више врста, генерисући податке за моделирање временских серија. Штавише, користили смо онлајн ФР-ИР спектроскопију за надгледање главних метаболички

Директна анализа експресије гена тфдА аутохтоним бактеријама у фенокси киселини измијенила је пољопривредно тло

Директна анализа експресије гена тфдА аутохтоним бактеријама у фенокси киселини измијенила је пољопривредно тло

Апстрактан Експресија функционалног гена тфдА који је укључен у разградњу феноксиоцтених киселина попут 2, 4-дихлорофеноксиоцтене киселине (2, 4-Д) и 4-хлоро-2-метилфеноксиоцтене киселине (МЦПА) истражена је током сценарија деградације у природним узорцима несејаних земљишта. Резултати илуструју како је анализа на бази гласника РНА (мРНА) погодна за квантитативно проучавање активности специфичних микробних популација у земљишту користећи биодеградацију феноксиоцтене киселине као модел модела. Кван

Упоредна геномика патогених родова Вибрио нигрипулцхритудо идентификује особине повезане са вирусом

Упоредна геномика патогених родова Вибрио нигрипулцхритудо идентификује особине повезане са вирусом

Субјекти Бактеријска патогенеза Упоредна геномика Рекомбинација ДНК Филогенетика Апстрактан Вибрио нигрипулцхритудо је новонастали патоген узгајаних козица у Новој Каледонији и другим регионима у Индо-Пацифику. Молекуларне одреднице патогености В. нигрипулцхритудо нису познате; међутим, молекуларне епидемиолошке студије сугеришу да је патогеност повезана са одређеним родом. Овде смо урадили